Herøy kommune er organisert som en to-nivåkommune. Det vil si at lederne av de ulike enhetene i kommunen er direkte underlagt rådmannen.
Kommunenes høyeste administrative organ er rådmannens ledergruppe som består av:
- Rådmann - Geir Berglund
- Kommunalleder 1 - Siv Nilsen
- Kommunalleder 2 - Liv-Åse Brosveet Lorentzen
- Kommunalleder 3 - Jan Sigurd Pettersen
- Enhetsleder for Herøy barnehage - Line Olsen Roan
- Enhetsleder for Herøy skole - Lars Olav Mogård-Larsen
- Enhetsleder for hjemmetjenesten og Herøy sykehjem - Wenche Sæthre Jørgensen
- Enhetsleder for miljøtjenesten - Roger Falch Iversen
- Enhetsleder for driftsavdelingen - Gjøran Tangen
- Leder for NAV Herøy/Dønna - May-Brith Pedersen
Rådmannens ledergruppe har faste møter minst en gang per måned.